Confira aqui nesse vídeo: 

Em algumas situações, o comprador pode pagar um boleto com um valor menor ou maior do que o valor correto. Para identificar se um boleto passou por essa situação, basta entrar em Menu > Transações e clicar sobre a transação, para abrir sua página de detalhes.

Nessa página, existe um campo de Valor capturado. Se o boleto não foi pago pelo cliente no valor correto, o valor capturado será diferente do valor da transação. Segue um exemplo de boleto pago a menos:

O boleto pago em valor menor não muda de status para pago. Apesar de ficar com o status "Aguardando pagamento", a transação pode ser estornada. A negociação nesses casos vai depender da sua relação com o cliente, você pode perdoar o valor ou então criar uma nova transação para cobrir o valor faltante.